燃料电池近些年来取得了很大进展，但由于目前还存在一些难以在短期内解决的技术问题，因此，影响了它的实用化进程。存在的主要问题及难点有以下几个方面。

（1）成本问题

日前，固体质子交换膜燃料电池还须用贵金属铂作为催化剂，不仅价格昂贵，而且资源少。因此，必须研究出铂的代用材料，固体质子交换膜燃料电池方有可能大量推广使用。

（2）氢源问题

包括氢的制备、储存与运输。氢通常通过电解水获取。但是从长远考虑，氢必须通过可再生能源获得，如生物能、水电能、太阳能、风能或地热能。对于燃料电池汽车来说，固态氢是用金属及合金的氢化物吸附氢，储氢效率高，安全性好，是目前最理想的储氢方式。

（3）加氢站网络投资大

若用纯氢，需要投巨资建立加氢站网络。若采用其他燃料，也需要建立相应的加注网络。